菌落計數儀是利用光學原理，通過捕捉培養皿上菌落的圖像，并結合圖像分析軟件來實現自動計數的設備。這種技術的應用大大減少了人工計數的繁瑣和主觀誤差，提高了工作效率和計數精度。然而，要發揮其最佳性能，選擇合適的培養皿至關重要。
在微生物學研究和臨床檢驗中，菌落計數是一個基本而關鍵的步驟。準確的計數結果對于病原體檢測、抗生素敏感性測試及研究菌群變化至關重要。實現這一目標，需要精確匹配
菌落計數儀和培養皿，兩者的合理搭配使用直接關系到實驗數據的準確度和效率。
在選擇培養皿時，尺寸規格是需要首要考慮的因素。培養皿的直徑需要與菌落計數儀的掃描平臺或載物臺大小相匹配。常見的培養皿尺寸有60毫米、90毫米和150毫米等。儀器設計的容納能力決定了可以使用的培養皿尺寸，選擇不合適將導致無法進行有效的圖像捕捉或識別。
材質和顏色也是影響計數效果的關鍵因素。為保證圖像的清晰度，培養皿底部通常需要具備一定的光學透明性和平滑度。玻璃或優質塑料材質是理想選擇，它們不易產生劃痕且容易清潔。此外，培養皿的顏色對比也是一個考量點。深色平皿（如黑色或藍色）能夠增強菌落與背景的對比度，使軟件更容易辨識和計數。
培養皿的深度也是一個需要考慮的因素。較深的培養皿能夠加入更多的培養基，這對于那些需要高營養或長時間培養的微生物而言尤為重要。然而，過深的培養皿可能會對圖像的聚焦造成影響，因此需要在保證足夠培養深度和確保圖像清晰之間找到平衡。
在實際應用中，還應考慮培養皿的無菌性、是否一次性使用以及成本效益等因素。預先評估實驗的需求量可以避免不必要的浪費，同時確保實驗的順利進行。
